層析, 經典的蛋白質鑒定方法如氨基酸序列分析等, 現代質譜技術, 基因組學研究的各種手段, 現代計算機信息學和計算機網絡通訊技術等等, 任何可用于蛋白質研究的技術手段, 蛋白質組學都可能會采用 它體現的是一個開放的思維和研究方式 蛋白質-蛋白質的相互作用是細胞生命活動的基礎和特征 這種千變萬化的相互作用以及由此形成的紛繁復雜的蛋白質聯系網絡同樣也是蛋白質組學的研究內容, 相應的工作也已經開展 酵母雙雜交系統(tǒng)(yeast two-hybrid system)自建立以來已經成為分析蛋白質相互作用的強有力的方法之一 該方法在不斷完善, 如今它不但可用來在體內檢驗蛋白