模塊升溫和降溫時間、模塊與PCR管內(nèi)溫度平衡時間、延伸時間以及循環(huán)次數(shù)這四個因素決定了在PCR儀上完成一個PCR反應(yīng)所需要的時間。

1、延伸時間

PCR產(chǎn)物的長度和DNA聚合酶的合成速度會對延伸時間產(chǎn)生影響。若PCR產(chǎn)物長度不足100bp時，則可以考慮將延伸時間變?yōu)?。常用的方法還有采用高速的DNA聚合酶，但是，高速的DNA聚合酶并不是對所有PCR實(shí)驗(yàn)都適用。

2、循環(huán)次數(shù)

模板量及檢測要求會對循環(huán)次數(shù)產(chǎn)生影響。整合高速DNA聚合酶、超薄管（或特殊貼附技術(shù)）以及快速PCR儀使得CR反應(yīng)在較短的時間內(nèi)完成，就是快速PCR技術(shù)

3、模塊升溫和降溫度時間

升降溫速度通常會在PCR儀上被標(biāo)明，然而，大多數(shù)PCR儀標(biāo)的是Zda變溫速度，即是瞬間達(dá)到的速度。僅有很少的PCR儀標(biāo)的是和實(shí)驗(yàn)相關(guān)的平均升降溫速度

4.模塊與PCR管內(nèi)溫度平衡時間

由于鋁塊的導(dǎo)熱能力要強(qiáng)于塑料和水許多，所以當(dāng)模塊溫度達(dá)到后，PCR管內(nèi)的溫度還遠(yuǎn)沒有達(dá)到，使二者達(dá)到平衡需要一定的時間。想要使這一時間減少，有以下四種方法：

（1）使模塊溫度過沖，在管內(nèi)溫度快達(dá)到時降到目標(biāo)溫度，然而如果過沖的溫度太高會導(dǎo)致實(shí)際溫度過沖，會對PCR反應(yīng)結(jié)果產(chǎn)生影響。

（2）使PCR反應(yīng)液的體積減少，然而若體積變小則會降低PCR反應(yīng)的可靠性。

（3）使PCR管的厚度降低，然而若太薄則強(qiáng)度不夠。

（4）使PCR管與模塊貼附程度增加。