凝膠電泳儀在分子生物學(xué)、遺傳學(xué)和生物化學(xué)的得到廣泛的應(yīng)用。

1.大的DNA或者RNA分子通常利用瓊脂糖凝膠電泳（agarose gel electrophoresis）分離，也可以使用聚丙烯酰胺凝膠電泳（PAGE）。

2.蛋白質(zhì)的凝膠電泳通常在加入十二烷基硫酸鈉的聚丙烯酰胺凝膠中進(jìn)行（SDS-PAGE），或者非變性凝膠電泳，或二維電泳。

3.毛細(xì)管電泳

4.酶譜法（zymography）

5.變性梯度膠凝電泳（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis，DGGE）

各種形狀、大小和孔隙度能夠由瓊脂糖和聚丙烯酰胺制成，瓊脂糖凝膠分離DNA片度大小有比較廣的范圍，從200bp至近50kb的DNA片段為不同濃度瓊脂糖凝膠可分離長度。在強(qiáng)度和方向恒定的電場(chǎng)下瓊脂糖一般使用水平裝置電泳。聚丙烯酰胺分離小片段DNA(5-500bp)具有比較好的效果，其擁有極高的分辨力，即使相差1bp的DNA片段，也可以分開，聚丙烯酰胺凝膠電泳很快，相對(duì)大量的DNA其也能夠容納，然而制備和操作沒有瓊脂糖凝膠簡(jiǎn)單。聚丙烯酰胺凝膠采用垂直裝置進(jìn)行電泳。目前,通常實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行DNA電泳大多數(shù)使用瓊脂糖水平平板凝膠電泳裝置。

在DNA制備電泳中，瓊脂糖主要作為一種固體支持基質(zhì),瓊脂糖的濃度決定了其密度。在電場(chǎng)中,在中性pH值下帶負(fù)電荷的DNA向陽極遷移,其遷移速率由下列多種因素決定:

1、 瓊脂糖濃度

一個(gè)給定大小的線狀DNA分子,在不同濃度的瓊脂糖凝膠中其遷移速度各不相同。DNA電泳遷移率的對(duì)數(shù)與凝膠濃度成線性關(guān)系。DNA分子的大小決定了凝膠濃度的選擇。分離大于10kb的DNA分子所需膠濃度為0.3-0.7%,分離小于0.5kb的DNA片段所需膠濃度是1.2-1.5%, DNA片段大小間于兩者之間則所需膠濃度為0.8-1.0%。

2、DNA分子的構(gòu)象

當(dāng)DNA分子處于不同構(gòu)象時(shí),，它在電場(chǎng)中移動(dòng)距離不僅受到分子量的影響，而且受到它本身構(gòu)象的影響。在瓊脂糖凝膠中，在瓊脂糖凝膠中的移動(dòng)速度各不相同，開環(huán)雙鏈DNA移動(dòng)Z慢，而超螺旋DNA移動(dòng)Z快。

3、 DNA的分子大小

在一定濃度瓊脂糖凝膠中線狀雙鏈DNA分子的遷移速率與DNA分子量對(duì)數(shù)成反比，分子越大就會(huì)受到越大的阻力，在凝膠孔隙中蠕行也就變得越困難，所以遷移得越慢。