多肽合成是一個固相合成順序一般從N端（氨基端）向 C端（羧基端）合成。下面就讓小編為你介紹一下多肽合成中遇到的主要問題。

多肽合成中的主要問題：

一、困難序列多肽合成

在固相多肽合成中，合成效率很低或者多肽合成失敗的問題也經常遇到，多肽序列為引起這些問題的主要原因。由于在樹脂上某些多肽序列形成β-折疊，使得樹脂的溶脹性能改變了，而且還有可能在樹脂里面埋藏反應的活性位點，如此會很難進行反應。采用微波方法，使用高離液鹽，LiCl，NaClO4等或者使用混合溶劑，DMSO/DMF，6N胍啶/DMF溶液，提高反應溫度為報道的目前為止使用的主要方法。使用溶脹性能更好的PEG-PS樹脂，同時使得樹脂擔載量（0.05-0.2mmol/g）減少。

二、消旋及其反應機理

在多肽合成過程中，在活化的過程，部分氨基酸會產生不同程度的消旋，Cys，His，Phe尤其是非常容易消旋的氨基酸。當然合成中的有機堿、溫度以及溶劑也會對消旋化產生影響。能夠通過GX縮合試劑的使用，來使反應時間減少，從而能夠使得這些氨基酸消旋的比例減少，通常如果選擇適當?shù)臈l件，就能夠將消旋化控制在5%以內。

三、二酮哌嗪（DKP）反應

在FMOC-Wang樹脂合成過程中會出現(xiàn)DKP副反應，主要在diyi個氨基酸為Pro的時候出現(xiàn)，當?shù)诙€氨基酸脫FMOC的時候，游離出α-氨基以后，應當立刻分子內胺解Wang樹脂的芐酯鍵，會有六元環(huán)二酮哌嗪衍生物生成并且從Wang樹脂上釋放出來，從而終止反應。

通常在末端diyi個氨基酸為Pro的時候，采用2-Cl-Trt樹脂合成比較合適。因為副反應會通過樹脂巨大的空間阻力能夠被完全消除。在BOC策略合成過程中，能夠全避免這個副反應，由于BOC在使用TFA脫除后，使得氨基存在的形式為TFA鹽，從而使得親核性失去了，不能夠對芐酯鍵進行進攻。