需要保護(hù)暫不參與形成酰胺鍵的氨基和羧基，同時也需要保護(hù)氨基酸側(cè)鏈上的活性基因，在完成反應(yīng)后再去除保護(hù)基因，從而使得具有特定的氨基酸順序的多肽成功的合成。

由于不易發(fā)生消旋，因此無論固相合成還是液相合成，α氨基的保護(hù)基均采用烷氧羰基類型。芐氧羰基Zxian使用，然而因為其想要脫除必須有較強(qiáng)的酸解條件，因此使用叔丁氧羰基（BOC）替代來保護(hù)，采用TFA（三氟乙酸）脫保護(hù)，可是對于含有色氨酸等對酸不穩(wěn)定的肽類的合成不適用。

Carpino報道的Fmoc(9-芴甲氧羰基)在changMeienlofer和Atherton等人在1978年被采用作為α氨基保護(hù)基，F(xiàn)moc基對酸很穩(wěn)定，可以使用哌啶-CH2CL2或哌啶-DMF將其脫去，Z近幾年，F(xiàn)moc合成法的應(yīng)用越來越廣泛。

一般使用形成酯基的方法來保護(hù)羧基。逐步合成中保護(hù)羧基的常用方法為甲酯和乙酯，能夠通過皂化將它們除去。在合成肽時，通常應(yīng)當(dāng)使用適當(dāng)?shù)谋Ｗo(hù)基暫時保護(hù)含有半胱氨酸、組氨酸、精氨酸等帶側(cè)鏈功能基的氨基酸的側(cè)鏈基團(tuán)，從而使側(cè)鏈功能團(tuán)所帶來的副反應(yīng)得以避免。

保護(hù)基的選擇不僅要能夠讓側(cè)鏈基團(tuán)不參與形成酰胺的反應(yīng)，而且還要保證在肽合成過程中保護(hù)基不受破壞，還要保證在Z后肽鏈裂解時要將保護(hù)基去除。例如用金剛烷氧羰基（Adoc）對精氨酸進(jìn)行保護(hù)，用冷的三氟乙酸將其脫去；用2,2,2-三氟-1-芐氧羰基和2,2,2-三氟-1-叔丁氧羰基乙基來對組氨酸的咪唑環(huán)進(jìn)行保護(hù)，能夠通過催化氫化或冷的三氟乙酸將其脫去。

固相中和液相中的接肽反應(yīng)原理大體上相同，在溶液內(nèi)放入兩個相應(yīng)的氨基被保護(hù)的及羧基被保護(hù)的氨基酸，不會有肽鍵形成，會有酰胺鍵形成。用強(qiáng)的失去劑（如碳二亞氨）形成對稱酸酐或者活化羧基變成混合酸酐、活潑酯、酰氯等方法來來使酰胺鍵形成，是比較常用的方法。當(dāng)中Z為廣泛應(yīng)用的是活化酯法和選用DCC、HOBT或HOBT/DCC的對稱酸酐法。

用TFA+HF裂解和脫側(cè)鏈保護(hù)基為裂解及合成肽鏈的純化BOC法，直接用TFA的是FMOC法，有些時候，由于不同的條件，也會采用氟離子和氫解、光解、堿等其它脫保護(hù)方法，一般采用GX液相色譜、親和層析、毛細(xì)管電泳等進(jìn)一步的精制、分離與純化合成肽鏈。