按照DNA擴增的目的和檢測的標準，PCR儀被分為四種類型，分別是實時熒光定量PCR儀、原位PCR儀、梯度PCR儀以及普通PCR儀。

分類

實時熒光定量PCR基因擴增儀

將計算機分析處理系統(tǒng)和熒光信號采集系統(tǒng)加入到普通PCR儀，叫做熒光定量PCR儀。其和普通PCR儀有著相同的PCR擴增原理。只是其PCR擴增時，利用同位素、熒光素等對加入的引物進行標記，使引物和熒光探針同時與模板特異性結(jié)合擴增。通過熒光信號采集系統(tǒng)實時采集信號然后輸送到計算機分析處理系統(tǒng)獲得量化的實時結(jié)果。 

熒光定量PCR儀包括單通道、雙通道和多通道。若僅使用一種熒光探針標記，怎選用單通道，若有很多熒光探針標記的時候，就選擇多通道。多熒光的標記的目的基因表達產(chǎn)物也能夠通過單通道檢測出來。由于一次只能夠?qū)⒁环N目的基因的擴增量檢測出來，因此檢測完不同目的基因片段的量則需多次擴增。其主要在醫(yī)學臨床檢測、生物醫(yī)藥研發(fā)、食品行業(yè)、科研院校等機構(gòu)使用。

原位PCR基因擴增儀

被用來對細胞內(nèi)靶DNA的定位分析的細胞內(nèi)基因擴增儀，被叫做原位PCR儀。例如目的基因在細胞內(nèi)的作用位置或者病源基因在細胞的位置等。細胞或組織保持完整，使得PCR反應體系在組織和細胞中滲透，在細胞的靶DNA所在位置上進行基因擴增，不僅能夠?qū)Π蠨NA檢測，還能將靶序列在細胞內(nèi)的位置標出。其在臨床過程及病理的轉(zhuǎn)變和在分子和細胞水平上研究疾病的發(fā)病機理方面的實用價值非常重大。其在臨床、科研方面被應用。

梯度PCR基因擴增儀

一系列不同的退火溫度條件能夠通過一次性PCR擴增進行設置的PCR儀被叫做梯度PCR儀。由于被擴增的DNA片段不同，其Z適合的退火溫度也不一樣，對一系列的梯度退火溫度進行設置，從而一次性PCR擴增，就能夠?qū)⒈磉_量高的Z適合的退火溫度篩選出來，進行有效的擴增?？梢员挥米鲗ξ粗狣NA退火溫度的擴增進行研究，如此不僅使成本得到節(jié)約，而且也使時間得到了節(jié)省。如果不設置梯度，那么梯度PCR儀也可以作為普通PCR擴增使用。其主要在科研、教學機構(gòu)使用。

普通PCR基因擴增儀

一個特定退火溫度僅可以由一次PCR擴增運行PCR儀，指的就是普通PCR儀。若要做不同的退火溫度，那么需要運行多次。其主作用要是擴增目的基因退火溫度。該儀器在科學研究、教學、醫(yī)學臨床、檢驗檢疫等機構(gòu)得到廣泛地應用。

PCR的反應動力學

DNA擴增量隨著PCR的三個反應步驟的重復循環(huán)進行而呈指數(shù)級增長。實際反應初期，靶序列DNA片段呈指數(shù)級增加，當PCR產(chǎn)物的逐漸積累時，被擴增的DNA片段不再呈指數(shù)增加，此時進入線性增長期或靜止期，使得平均效率達不到理論值。