多肽是α－氨基酸以肽鍵連接在一起而形成的化合物，是蛋白質(zhì)水解的中間產(chǎn)物。由兩個(gè)氨基酸分子脫水縮合而成的化合物叫做二肽，同理類推還有三肽、四肽、五肽等。通常由10~100個(gè)氨基酸分子脫水縮合而成的化合物叫多肽。

常見問題

1.為什么含有Cys,Met,或Trp的多肽難合成？

答：含有Cys,Met，或Trp的多肽合成非常困難，與此同時(shí)獲得高純度的產(chǎn)品也非常的困難。主要是由于這些基團(tuán)容易氧化，不穩(wěn)定。尤其需要注意這些多肽的使用和儲(chǔ)存，反復(fù)開啟蓋子的行為盡量避免。

2.為什么有些多肽的合成產(chǎn)率或純度會(huì)比較低？

答：多肽合成與引子合成之間的差別比較大，很少有引子不可以合成，然而卻有很多不能合成的多肽例如Val,Ile,Tyr,Phe,Trp,Leu,Gln,和Thr這些氨基酸比鄰或重復(fù)時(shí)，在合成過程中，多肽鏈不能完全舒展溶解，降低了合成的效率。在如重復(fù)Pro,Ser-Ser，重復(fù)Asp，4個(gè)連續(xù)Gly等情形之下，具有比較低的合成效率和產(chǎn)物的純度。

3.多肽是如何純化的？

答：反相柱(如C8，C18等)，214nm通常被使用來進(jìn)行多肽的純化。含TFA的溶劑，pH2.0一般為緩沖體系。BufferA為含0.1%TFAinddH2O，BufferB為1%TFA/ACN/pH2.0。在進(jìn)行純化之前，先使用BufferA進(jìn)行溶解，若溶解不理想，在使用BufferB溶解后，再使用BufferA進(jìn)行稀釋，如果多肽的疏水性很強(qiáng)，那么還必須將少量的FormicAcid或醋酸加入。使用HPLC對多肽粗產(chǎn)物進(jìn)行分析，如果多肽的長度在15aa以下，通常會(huì)有主峰，主峰一般是全長產(chǎn)物。對于20aa以上的長肽，如果沒有主峰，HPLC需搭配Mass來對分子量進(jìn)行判定，來對哪個(gè)峰是所要合成的多肽進(jìn)行確定。

4.多長的多肽為合適？

答：長度，電荷，親疏水性等為多肽合成時(shí)必須要考慮的因素。合成粗品的純度和產(chǎn)率會(huì)隨著多肽長度的增加而降低，從而會(huì)增大不能合成的概率和純化的難度。當(dāng)然無法使多肽功能區(qū)的序列發(fā)生改變，然而不得不將一些輔助氨基酸增加在功能區(qū)的的上下游，類似對多肽的溶解性和親疏水性加以改善以便順利合成多肽。若多肽偏短，合成亦有可能出現(xiàn)問題，合成的多肽在后處理過程中有一定的難度是主要的問題，少于5肽的多肽，通常需要具備疏水的氨基酸，不然會(huì)增加后處理難度，少于15個(gè)氨基酸殘基的多肽，它的產(chǎn)率和得率通常均很滿意。

5.如何從多肽序列中判定多肽的溶解性？

答：（1）若Met,Phe，Trp，Leu,Val和比例很高的多很強(qiáng)的疏水性的氨基酸包含于多肽中，那么多肽在水性溶液中溶解很難或者基本不可能。這些氨基酸不管是純化還是合成，均會(huì)出現(xiàn)問題。

（2）通常而言，疏水性氨基酸所占的比例應(yīng)當(dāng)?shù)陀?0%，不能連續(xù)5個(gè)aa為疏水性，帶電荷的氨基酸的的比例達(dá)到20%。若在多肽的N或C短對極性氨基酸進(jìn)行增加，也能夠使得溶解性得到改善。