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酶解or超聲?看小美非接觸超聲波DNA打斷儀如何大顯身手

上海凈信實業(yè)發(fā)展有限公司 2022-11-07 15:00:14 389  瀏覽
  •   在NGS檢測實驗中,DNA文庫構(gòu)建的第一步就是將DNA隨機打斷成符合各測序平臺讀長的片段。相信熟悉NGS文庫構(gòu)建的科研人員一定糾結(jié)過這個問題,是用酶解打斷還是超聲波打斷?

      目前DNA打斷的最主要的方法超聲法和酶解法。但是這兩種方法在實際使用中各具優(yōu)勢,需要根據(jù)實驗者自身的情況進行選擇。

      

      超聲波打斷法:

      

      操作簡單,耗時短,成本低;隨機片段化,無GC序列偏好;剪切效果不受DNA濃度影響

      

      片段化結(jié)果集中度高,目的長度片段得率高。

      

      酶切法:

      

      實驗要求嚴(yán)格,針對不同樣本合適的片段化條件摸索不易,成本較高;存在序列偏好性;需要根據(jù)樣本濃度改變酶濃度,酶活性易受到溶液成分影響;目標(biāo)長度片段集中度較低。

      

      超聲打斷法的優(yōu)勢顯而易見,而常用的超聲波打斷儀分為接觸式和非接觸式。相比傳統(tǒng)的探頭超聲波破碎儀,探頭與樣品直接接觸,一次只能處理一個樣品,實驗周期長。小美非接觸超聲波DNA打斷儀Plus系列產(chǎn)品可在密閉容器下進行破碎,不產(chǎn)生感染性飛霧,超聲探頭與樣品不接觸,避免交叉污染。對于每天要處理多個樣品或者貴重樣品的實驗室,此款儀器具有處理高通量,樣本低損耗,無交叉污染等優(yōu)勢。逐漸成為ChIP(染色質(zhì)免疫共沉淀)和DNA剪切研究平臺不可缺少的標(biāo)準(zhǔn)化工具。

      小美超聲非接觸超聲波DNA打斷儀Plus系列產(chǎn)品具有通量高、實驗一致性好,實驗重復(fù)性好、片段得率高等優(yōu)點。專為二代測序DNA樣本與染色質(zhì)免疫共沉淀實驗樣本前處理量身訂做的,應(yīng)用領(lǐng)域包含:細菌細胞破碎、蛋白質(zhì)抽提;二代測序樣本DNA片段化;霉菌孢子破碎、乳化、均質(zhì)、加速溶解、催化反應(yīng)等。

      

      采用等溫、非接觸的方式對樣品進行打斷、勻漿和混合;用于無菌、可超微量破碎,隔著離心管能打斷染色體。深受各大基因公司、生物公司、測序公司的青睞!

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熱門問答

酶解or超聲?看小美非接觸超聲波DNA打斷儀如何大顯身手

  在NGS檢測實驗中,DNA文庫構(gòu)建的第一步就是將DNA隨機打斷成符合各測序平臺讀長的片段。相信熟悉NGS文庫構(gòu)建的科研人員一定糾結(jié)過這個問題,是用酶解打斷還是超聲波打斷?

  目前DNA打斷的最主要的方法超聲法和酶解法。但是這兩種方法在實際使用中各具優(yōu)勢,需要根據(jù)實驗者自身的情況進行選擇。

  

  超聲波打斷法:

  

  操作簡單,耗時短,成本低;隨機片段化,無GC序列偏好;剪切效果不受DNA濃度影響

  

  片段化結(jié)果集中度高,目的長度片段得率高。

  

  酶切法:

  

  實驗要求嚴(yán)格,針對不同樣本合適的片段化條件摸索不易,成本較高;存在序列偏好性;需要根據(jù)樣本濃度改變酶濃度,酶活性易受到溶液成分影響;目標(biāo)長度片段集中度較低。

  

  超聲打斷法的優(yōu)勢顯而易見,而常用的超聲波打斷儀分為接觸式和非接觸式。相比傳統(tǒng)的探頭超聲波破碎儀,探頭與樣品直接接觸,一次只能處理一個樣品,實驗周期長。小美非接觸超聲波DNA打斷儀Plus系列產(chǎn)品可在密閉容器下進行破碎,不產(chǎn)生感染性飛霧,超聲探頭與樣品不接觸,避免交叉污染。對于每天要處理多個樣品或者貴重樣品的實驗室,此款儀器具有處理高通量,樣本低損耗,無交叉污染等優(yōu)勢。逐漸成為ChIP(染色質(zhì)免疫共沉淀)和DNA剪切研究平臺不可缺少的標(biāo)準(zhǔn)化工具。

  小美超聲非接觸超聲波DNA打斷儀Plus系列產(chǎn)品具有通量高、實驗一致性好,實驗重復(fù)性好、片段得率高等優(yōu)點。專為二代測序DNA樣本與染色質(zhì)免疫共沉淀實驗樣本前處理量身訂做的,應(yīng)用領(lǐng)域包含:細菌細胞破碎、蛋白質(zhì)抽提;二代測序樣本DNA片段化;霉菌孢子破碎、乳化、均質(zhì)、加速溶解、催化反應(yīng)等。

  

  采用等溫、非接觸的方式對樣品進行打斷、勻漿和混合;用于無菌、可超微量破碎,隔著離心管能打斷染色體。深受各大基因公司、生物公司、測序公司的青睞!

2022-11-07 15:00:14 389 0
國貨之光 突出重圍|小美非接觸超聲波DNA打斷儀Plus系列

  近年來國家對國產(chǎn)科研儀器的政策利好不斷,國產(chǎn)儀器的產(chǎn)品力也在持續(xù)提升。今年9月初,國務(wù)院常務(wù)會議確定以政策貼息、專項再貸款等一系列“組合拳”,來支持高校、職業(yè)院校、醫(yī)院、中小微企業(yè)等領(lǐng)域的設(shè)備購置和更新改造。意味著全國數(shù)千億級醫(yī)療設(shè)備更新改造需求即將釋放,科學(xué)儀器行業(yè)將迎來市場需求持續(xù)擴張時期。

  

  上海凈信作為國內(nèi)知名科學(xué)儀器廠商在研發(fā)上面不斷投入,在技術(shù)及定制化服務(wù)等領(lǐng)域也不斷突破。旗下公司小美超聲的非接觸超聲波DNA打斷儀Plus系列產(chǎn)品是專為二代測序DNA樣本與染色質(zhì)免疫共沉淀實驗樣本前處理量身訂做的,擁有全新的超聲破碎技術(shù)!應(yīng)用領(lǐng)域包含:細菌細胞破碎、蛋白質(zhì)抽提;二代測序樣本DNA片段化;霉菌孢子破碎、乳化、均質(zhì)、加速溶解、催化反應(yīng)等。

  這個系列產(chǎn)品具有通量高、實驗一致性好,實驗重復(fù)性好、片段得率高等優(yōu)點。采用等溫、非接觸的方式對樣品進行打斷、勻漿和混合;用于無菌、超微量破碎,隔著離心管能打斷染色體。

  實驗效果:

  

  1. DNA樣本來源:gDNA 來源于λ噬菌體,濃度為:20 ng/ul 。

  

  實驗?zāi)康模?/strong>瓊脂糖凝膠電泳檢測打斷效果

1-24號樣本大度啊厚電泳檢測結(jié)果

  

  深受各大基因公司、生物公司、測序公司的青睞!

  

  用戶群體:

  

  高校/科研院所生物分子平臺

  

  醫(yī)院中心實驗室/產(chǎn)前診斷科/生殖醫(yī)學(xué)部門/生物樣本庫

  

  二代三代測序公司/醫(yī)檢所/生物試劑(藥物)研發(fā)企業(yè)

  

  疾控系統(tǒng)、出入境檢疫、海關(guān)、食藥監(jiān)等

2022-11-03 16:44:39 333 0
脊髓性肌萎縮癥SMN | 看HTRF如何大顯身手

脊髓性肌萎縮癥(SMA)

脊髓性肌萎縮癥(SMA),是一類由脊髓前角運動神經(jīng)元變性導(dǎo)致肌無力、肌萎縮的疾病。由運動神經(jīng)元功能基因(SMN1) 隱性突變引起,屬常染色體隱性遺傳病,臨床并不少見。主要臨床表現(xiàn)為進行性、對稱性,肢體近端為主的廣泛性弛緩性麻痹與肌萎縮,智力發(fā)育及感覺均正常。

SMN1基因編碼存活運動神經(jīng)元(SMN)蛋白 ——一種遍布全身的蛋白質(zhì),對于運動神經(jīng)元細胞的結(jié)構(gòu)維持和功能至關(guān)重要。大腦和脊髓中的運動神經(jīng)元控制整個身體的肌肉運動。如果沒有足夠的功能性SMN蛋白,那么運動神經(jīng)元就會死亡,導(dǎo)致衰弱且通常致命的肌肉無力。由SMN1基因突變引起的SMA通常根據(jù)發(fā)病年齡和嚴(yán)重程度分為幾種亞型;其中嬰兒發(fā)病的SMA是Z嚴(yán)重和Z常見的亞型。患有這種疾病的兒童頭部抬頭,吞咽和呼吸都有問題。這些癥狀可能在出生時出現(xiàn),也可能在6個月后出現(xiàn)。

近十年來,在針對SMA患者的ZL策略方面取得了顯著進展:2016年12月Nusinersen反義寡核苷酸療法迅速獲得FDA批準(zhǔn)用于所有年齡的SMA患者,可提高SMN蛋白表達并改善輕度SMA兒童和青少年的運動功能;2019年5月批準(zhǔn)的靜脈注射表達SMN1 cDNA (scAAV9-SMN)的 重組腺相關(guān)病毒基因療法onasemnogene abeparvovec-xioi用于提高2歲及以下嬰兒的生存和運動機能。

因為SMN水平無法在活著的患者的神經(jīng)系統(tǒng)中測量,有關(guān)疾病相關(guān)的SMN表達水平變化和與疾病相關(guān)的數(shù)據(jù)很少。了解SMN在正常和患病人群、以及發(fā)展ZL過程中的動態(tài)表達變化將有助于進一步優(yōu)化臨床ZL。

 

來自約翰霍普金斯大學(xué)醫(yī)學(xué)院的研究人員對臨床SMA患者進行分組,對分離的人的腦、脊髓、髂腰肌、隔膜、肝等組織中SMN mRNA和蛋白水平分別進行了量化動態(tài)檢測。其中,采用HTRF?(均相時間分辨熒光,Homogeneous Time-Resolved Fluorescence)檢測技術(shù)進行不同組織的SMN蛋白定量檢測。研究發(fā)現(xiàn)圍產(chǎn)期全組織SMN蛋白水平正常下降,這支持臨床上在出生后要盡快開始SMN誘導(dǎo)ZL;部分患者由于ASOs(反義核苷酸)在脊柱和大腦吻側(cè)區(qū)域的分布有限,可能限制了這些區(qū)域的運動單元對這些患者的臨床反應(yīng)。這些結(jié)果對SMA患者的優(yōu)化ZL具有重要意義,并為進一步研究提高鞘內(nèi)注射ASOs的生物利用度提供了依據(jù)。

 

文章技術(shù)路線:

 

HTRF定量脊髓標(biāo)本中SMN蛋白的表達數(shù)據(jù)(對照組為75例;n = 16例SMA,患者年齡從15周妊娠(GA)到168個月不等),如下圖所示:

 


 

HTRF實驗方法:

HTRF?(均相時間分辨熒光,Homogeneous Time-Resolved Fluorescence)技術(shù)基于時間分辨熒光(TRF)和熒光共振能量轉(zhuǎn)移(FRET)兩大技術(shù)原理。將熒光的靈敏性、均相免洗和低背景等特點結(jié)合在一起。廣泛用于GPCRs,激酶,細胞因子,磷酸化蛋白,表觀遺傳,生物大分子(抗體)等靶點的檢測和定量。

 

HTRF SMN assay kit:將10 μL細胞裂解液轉(zhuǎn)移到96/384淺孔板中,加入5μL的熒光供體(Donor)和5 μL的熒光受體(Acceptor)。孵育過夜后,直接在EnVision多模式讀板儀(PerkinElmer)或其他HTRF?兼容的酶標(biāo)儀上進行讀值即可。

 

珀金埃爾默公司一如既往的為用戶提供客制化高靈敏度檢測試劑和高品質(zhì)的檢測設(shè)備:

EnVision多標(biāo)記微孔板讀板儀

識別二維碼

獲取詳細產(chǎn)品信息

 


 

EnSight多標(biāo)記微孔板讀板儀

 


 

Victor Nivo多標(biāo)記微孔板讀板儀

 


 

參考文獻

1. Ramos, Daniel M., et al. "Age-dependent SMN expression in disease-relevant tissue and implications for SMA treatment." Journal of Clinical Investigation 129.11 (2019): 4817-4831.


2020-08-11 13:19:54 582 0
凍存管如何去除RNA酶,DNA酶
 
2017-07-19 19:28:15 549 1
覽聚氨酯前世今生,看近紅外大顯身手

1937年,德國化學(xué)家奧托·拜耳博士發(fā)明了我們稱之為聚氨酯的多功能塑料。聚氨酯是通過多元醇與異氰酸酯反應(yīng)生成的,必要時還可使用適當(dāng)?shù)拇呋瘎┖吞砑觿?/p>



由于多種異氰酸酯和多種多元醇均可用于生產(chǎn)聚氨酯,因此可以生產(chǎn)出多種形式的聚氨酯材料來滿足不同應(yīng)用的特定要求,如:硬質(zhì)泡沫、軟質(zhì)泡沫、彈性體、膠粘劑、涂料、密封膠。目前,聚氨酯制品已廣泛應(yīng)用于家居、建筑、日用品、交通、家電等領(lǐng)域。


在不同類型的聚氨酯生產(chǎn)過程中,均需要通過檢測某些參數(shù)來保證成品質(zhì)量,如:多元醇的羥值、酸值、顏色、水分含量,異氰酸酯的NCO 含量、水分含量,聚氨酯的 NCO 含量、水分含量、酸值。

使用傳統(tǒng)分析技術(shù)測定上述參數(shù)是一個漫長且具有挑戰(zhàn)性的過程,因為測定這些參數(shù)需要使用多種不同的分析技術(shù),不僅需要消耗大量的時間來分析樣品,還需要花費時間進行儀器管理和維護。


毫無疑問,在生產(chǎn)過程中進行更加嚴(yán)格的質(zhì)量保證和質(zhì)量控制是一種必然趨勢,這種趨勢同時還伴隨著對低成本、高效率分析方法的更加關(guān)注。近紅外光譜作為聚氨酯行業(yè)公認(rèn)的快速可靠的質(zhì)量控制方法,一分鐘內(nèi)即可同時測定多個參數(shù),且無需樣品前處理或使用任何化學(xué)品,即使是非專業(yè)人員,也可輕松操作。


瑞士萬通在聚氨酯分析方面擁有豐富的專業(yè)知識,并為此提供了解決方案——DS2500 近紅外光譜分析儀(固/液兩種版本),可用于快速測定多元醇、異氰酸酯和聚氨酯的多個質(zhì)量參數(shù)。



對于多元醇的羥值和異氰酸酯的 NCO 含量測定,瑞士萬通還可提供現(xiàn)成的預(yù)校準(zhǔn)模型,開箱即用,免去了從零開發(fā)模型的困難,讓您從開機第 一天就充分發(fā)揮生產(chǎn)力。



瑞士萬通 DS2500 近紅外光譜分析儀可為聚氨酯生產(chǎn)過程中的各個階段保駕護航,不僅省時省力,而且綠色環(huán)保,更可為您節(jié)省高達90%的運行成本。



以多元醇的羥值測定為例,比較傳統(tǒng)分析方法(滴定)和近紅外光譜法的運行成本:



對質(zhì)量控制過程的低估是導(dǎo)致內(nèi)外部產(chǎn)品不合格的主要因素之一,據(jù)報道,這會導(dǎo)致10-30%的營業(yè)額損失。由于傳統(tǒng)分析方法存在的諸多弊端,越來越多的企業(yè)開始選擇在其質(zhì)量控制過程中使用近紅外光譜作為一種快速高效的替代方法。


2023-06-08 15:07:08 312 0
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