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- CH68453622 2018-04-22 00:00:00
- 基因組調(diào)研圖研究是對于沒有基因組參考序列的物種，基于小片段文庫的低深度測序數(shù)據(jù)，可以有效地評估基因組大小、GC含量、雜合度高低以及重復(fù)序列含量等信息，是全面了解某一物種基因組特征的有效方法；此外，通過基因組調(diào)研分析也可對基因組進(jìn)行初步組裝。 項目周期： 動植物基因組Survey開發(fā)時間為6周；3個樣品或以上，以及基因組大于1G為2個月。 開發(fā)時間以樣品到位并檢測合格為前提；收到樣品后，需要對樣品進(jìn)行檢測，Z終樣品的量和純度，以公司的檢測結(jié)果為準(zhǔn)。 測序平臺及策略： 整體測序深度不低于30倍覆蓋度； 預(yù)測基因組大小，評估基因組GC含量，評估基因組雜合率； 確定精細(xì)圖梯度文庫構(gòu)建具體策略 技術(shù)路線： 分析內(nèi)容： 1.標(biāo)準(zhǔn)信息分析 數(shù)據(jù)基本處理，去低質(zhì)量和接頭序列； K-mer 分析以及基因組大小估計； 雜合率估計； 精細(xì)圖建庫方案評估； 2.高級信息分析（只針對純調(diào)研圖項目） 初步組裝； GC-Depth 分布分析，判斷測序偏好性； SSR標(biāo)記鑒定； 樣品間SNP鑒定（多樣本情況下）。
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