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  lfv的春天 2016-12-02 04:35:38

  你說(shuō)的應(yīng)該是密碼子偏好性吧 編碼同一氨基酸的密碼子稱為同義密碼子。比如精氨酸有六種編碼同義密碼子（AGA，CGT，CGC，CGA，CGG，和AGG）。但是在酵母基因組中，精氨酸的48%由密碼子AGA確定，而其余五種編碼精氨酸的同義密碼子（CGT，CGC，CGA，CGG，和AGG）則以較低的大致相等的頻率被使用（每種10%左右）。類(lèi)似地，果蠅以完全不同的密碼子使用偏性編碼精氨酸，即比起其它五種選擇（每一種的出現(xiàn)頻率約為13%）來(lái)說(shuō)，果蠅更傾向于使用密碼子CGC（33%）。 遺傳信息在由mRNA到蛋白質(zhì)的傳遞過(guò)程中是以三聯(lián)體密碼子的形式傳遞的。每種氨基酸至少對(duì)應(yīng)一個(gè)密碼子，Z多的有6種對(duì)應(yīng)的密碼子。編碼同一種氨基酸的密碼子稱為同義密碼子。在蛋白質(zhì)的合成過(guò)程中，同義密碼子的使用概率并不相同。某一物種或某一基因通常傾向于使用一種或幾種特定的同義密碼子，這些密碼子被稱為Z優(yōu)密碼子(Optimal Codon)，此現(xiàn)象被稱為密碼子偏好性(Codon Usage bias)。人們已對(duì)不同物種的密碼子使用偏好性進(jìn)行了一些研究，發(fā)現(xiàn)不同物種的基因在密碼子使用上存在著明顯的偏好性；不同功能的基因其密碼子使用偏好性也存在較大的差異。 密碼子使用的相對(duì)概率(Relative Synonymous Codon Usage，RSCU)作為衡量的標(biāo)準(zhǔn)。RSCU是指對(duì)于某一特定的密碼子在編碼對(duì)應(yīng)氨基酸的同義密碼子間的相對(duì)概率，它去除了氨基酸組成對(duì)密碼子使用的影響，如果密碼子的使用沒(méi)有偏好性的話，該密碼子的RSCU值等于1。當(dāng)某一密碼子的RScU值大于1時(shí)，代表該密碼子為使用相對(duì)較多的密碼子，反之亦然。它計(jì)算簡(jiǎn)便，而且直觀地反映了密碼子使用的偏好性。 密碼子適應(yīng)指數(shù)(Codon adaption index。CAI)該指數(shù)以一組具高表達(dá)水平的基因?yàn)閰⒖?，測(cè)量某一個(gè)基因的密碼子偏好情況和這些高表達(dá)基因密碼子偏好情況的接近程度，如果一個(gè)基因完全使用高表達(dá)基因中所用的密碼子，則其CAI值為1。目前這個(gè)指數(shù)已被廣泛用來(lái)預(yù)測(cè)基因的表達(dá)水平。 有效密碼子數(shù)(Efective Number of Codon。Nc)CAI測(cè)量的是某個(gè)基因所用的密碼子與高表達(dá)基因所用密碼子的接近程度。和CAI不同，Nc 測(cè)量的是某個(gè)基因的密碼子偏好程度，如果一個(gè)基因平均使用每一個(gè)密碼子，則其N(xiāo)c為61，如果一個(gè)基因只使用每組同義密碼子中的一個(gè)，則其N(xiāo)c為20。理論上講，一個(gè)具有低CAI的基因也可以同時(shí)具有低Nc值，換句話說(shuō)，該基因具有較強(qiáng)的密碼子偏好性，只不過(guò)其偏向的并不是高表達(dá)基因所用的密碼子。 GC 和GC3s：GC測(cè)量的是基因中G和C的含量。GC3s則計(jì)算密碼子第三個(gè)堿基中出現(xiàn)G或c的頻率。一般認(rèn)為這兩個(gè)因素對(duì)基因的密碼子選擇有重要影響。

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