參與評(píng)論

評(píng)論

登錄后參與評(píng)論

全部評(píng)論(1條)

• 

  晧瀚 2016-12-22 00:00:00

  基因測(cè)序分析微生物菌群結(jié)構(gòu) NA是什么意思 微生物群落測(cè)序是指對(duì)微生物群體進(jìn)行高通量測(cè)序，通過分析測(cè)序序列的構(gòu)成分析特定環(huán)境中微生物群體的構(gòu)成情況或基因的組成以及功能。借助不同環(huán)境下微生物群落的構(gòu)成差異分析我們可以分析微生物與環(huán)境因素或宿主之間的關(guān)系，尋找標(biāo)志性菌群或特定功能的基因。對(duì)微生物群落進(jìn)行測(cè)序包括兩類，一類是通過16s rDNA，18s rDNA，ITS區(qū)域進(jìn)行擴(kuò)增測(cè)序分析微生物的群體構(gòu)成和多樣性；還有一類是宏基因組測(cè)序，是不經(jīng)過分離培養(yǎng)微生物，而對(duì)所有微生物DNA進(jìn)行測(cè)序，從而分析微生物群落構(gòu)成，基因構(gòu)成，挖掘有應(yīng)用價(jià)值的基因資源。以16s rDNA擴(kuò)增進(jìn)行測(cè)序分析主要用于微生物群落多樣性和構(gòu)成的分析，目前的生物信息學(xué)分析也可以基于16s rDNA的測(cè)序?qū)ξ⑸锶郝涞幕驑?gòu)成和代謝途徑進(jìn)行預(yù)測(cè)分析，大大拓展了我們對(duì)于環(huán)境微生物的微生態(tài)認(rèn)知。目前我們根據(jù)16s的測(cè)序數(shù)據(jù)可以將微生物群落分類到種（species）（一般只能對(duì)部分菌進(jìn)行種的鑒定），甚至對(duì)亞種級(jí)別進(jìn)行分析，幾個(gè)概念：16S rDNA（或16S rRNA）：16S rRNA 基因是編碼原核生物核糖體小亞基的基因，長度約為1542bp，其分子大小適中，突變率小，是細(xì)菌系統(tǒng)分類學(xué)研究中Z常用和Z有用的標(biāo)志。16S rRNA基因序列包括9個(gè)可變區(qū)和10個(gè)保守區(qū)，保守區(qū)序列反映了物種間的親緣關(guān)系，而可變區(qū)序列則能體現(xiàn)物種間的差異。16S rRNA基因測(cè)序以細(xì)菌16S rRNA基因測(cè)序?yàn)橹鳎诵氖茄芯繕悠分械奈锓N分類、物種豐度以及系統(tǒng)進(jìn)化。OTU：operational taxonomic units (OTUs)在微生物的免培養(yǎng)分析中經(jīng)常用到，通過提取樣品的總基因組DNA，利用16S rRNA或ITS的通用引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，通過測(cè)序以后就可以分析樣品中的微生物多樣性，那怎么區(qū)分這些不同的序列呢，這個(gè)時(shí)候就需要引入operational taxonomic units，一般情況下，如果序列之間，比如不同的 16S rRNA序列的相似性高于97%就可以把它定義為一個(gè)OTU，每個(gè)OTU對(duì)應(yīng)于一個(gè)不同的16S rRNA序列，也就是每個(gè)OTU對(duì)應(yīng)于一個(gè)不同的細(xì)菌（微生物）種。通過OTU分析，就可以知道樣品中的微生物多樣性和不同微生物的豐度。測(cè)序區(qū)段：由于16s rDNA較長（1.5kb），我們只能對(duì)其中經(jīng)常變化的區(qū)域也就是可變區(qū)進(jìn)行測(cè)序。16s rDNA包含有9個(gè)可變區(qū)，分別是v1-v9。一般我們對(duì)v3-v4雙可變區(qū)域進(jìn)行擴(kuò)增和測(cè)序，也有對(duì)v1-v3區(qū)進(jìn)行擴(kuò)增測(cè)序。

  贊(4)

  回復(fù)(0)

  評(píng)論

  評(píng)論

  登錄后參與評(píng)論