高內(nèi)涵——更快更高的斑馬魚成像與分析方案
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斑馬魚是一種廣泛使用于科研與藥物研發(fā)的模型系統(tǒng),由于其與人類疾病表型的相似性而廣受歡迎。許多基于成像的實驗可用來測定斑馬魚的表型變化,但是圖像的手動采集和分析非常繁瑣且耗時。這些過程的自動化會大大提高通量及數(shù)據(jù)質(zhì)量。在這里,我們展示了Operetta CLS?和Opera Phenix?如何進(jìn)行高通量的斑馬魚的成像和表型分析、篩選,使您能夠?qū)W⒂跀?shù)據(jù)評估而不是數(shù)據(jù)生成。
自動檢測高分辨率圖像-輕松鎖定斑馬魚
用普通顯微鏡對96孔板中的斑馬魚進(jìn)行定位與成像非常耗時的。Harmony? 高含量分析軟件融合了PreciScan?智能圖像采集工具,集成低倍率預(yù)掃描工作流程,圖像分析,更高的放大倍率重新掃描,可完全實現(xiàn)自動化,以減少采集時間和無效的數(shù)據(jù)量,并顯著加快分析速度。斑馬魚的明場成像,通過PhenoLOGIC? 人工智能使圖像分割變得容易(圖1和圖2)。
通過機器自學(xué)習(xí)在微孔板中自動檢測斑馬魚
通過智能圖像識別提高檢測通量
通過自動水浸鏡頭獲取高分辨率共聚焦圖像
使用Harmony? 成像和分析軟件簡化與流程化圖像分析
圖1:自動定位:使用Harmony中的PhenoLOGIC功能對斑馬魚自動定位。A-5X明場預(yù)掃描。B-PhenoLOGIC經(jīng)過鼠標(biāo)點擊培訓(xùn)區(qū)分魚(綠點)和背景(紅點)C-以PhenoLOGIC為基礎(chǔ)的魚類識別,使用形狀進(jìn)一步優(yōu)化,過濾去除較小的錯誤識別的地區(qū)。
圖2:PreciScan預(yù)掃描定位下一步高倍鏡掃描的區(qū)域
以20x(1.0 NA水浸鏡頭)掃描預(yù)掃描的定位區(qū)域。Z軸共聚焦50層的Z大投影。700張圖像的采集時間<2分鐘。自動檢測和采集意味著無人值守。
表型的自動量化
分析基因表達(dá)模式
圖3:表達(dá)CFP,GFP,YFP和mCherry標(biāo)記蛋白的斑馬魚。樣品由維也納CCRI提供。
自動準(zhǔn)確地確定形態(tài)特征
Harmony? 成像與分析軟件可以輕松檢測熒光強度,形態(tài)和紋理的變化。示例(圖4)顯示單個熒光染料可用于識別不同的身體部分。根據(jù)寬度識別頭部與脊柱。等效橢圓用于描述脊柱的形狀并估計其曲率。尾軸(圖5)以類似的方式,自動檢測尾部曲率。
圖4:單一熒光染料,計算確定斑馬魚頭部/尾部比例
圖5:尾軸的自動檢測。
在3D圖像中,依舊看到細(xì)節(jié)
Harmony軟件提供了3D圖像的可視化樣品的工具, Opera Phenix和Operetta CLS高內(nèi)涵分析系統(tǒng)提供從1.25x到63x的各種放大倍數(shù),63x并配備自動水浸鏡頭,提高靈敏度,減少深層樣本成像中的光學(xué)畸變。
圖6:斑馬魚尾部血管3D重構(gòu)
圖7:表達(dá)GFP和RFP的個體紅細(xì)胞
復(fù)制右邊括號鏈接進(jìn)行下載該方案完整版資料:(m.sdczts.cn/technology/file_157230.html)
關(guān)于珀金埃爾默:
珀金埃爾默致力于為創(chuàng)建更健康的世界而持續(xù)創(chuàng)新。我們?yōu)樵\斷、生命科學(xué)、食品及應(yīng)用市場推出獨特的解決方案,助力科學(xué)家、研究人員和臨床醫(yī)生解決Z棘手的科學(xué)和YL難題。憑借深厚的市場了解和技術(shù)專長,我們助力客戶更早地獲得更準(zhǔn)確的洞見。在,我們擁有12500名專業(yè)技術(shù)人員,服務(wù)于150多個國家,時刻專注于幫助客戶打造更健康的家庭,改善人類生活質(zhì)量。2018年,珀金埃爾默年營收達(dá)到約28億美元,為標(biāo)準(zhǔn)普爾500指數(shù)中的一員,紐交所上市代號1-877-PKI-NYSE。
了解更多有關(guān)珀金埃爾默的信息,請訪問www.perkinelmer.com.cn
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- 高內(nèi)涵——更快更高的斑馬魚成像與分析方案
斑馬魚是一種廣泛使用于科研與藥物研發(fā)的模型系統(tǒng),由于其與人類疾病表型的相似性而廣受歡迎。許多基于成像的實驗可用來測定斑馬魚的表型變化,但是圖像的手動采集和分析非常繁瑣且耗時。這些過程的自動化會大大提高通量及數(shù)據(jù)質(zhì)量。在這里,我們展示了Operetta CLS?和Opera Phenix?如何進(jìn)行高通量的斑馬魚的成像和表型分析、篩選,使您能夠?qū)W⒂跀?shù)據(jù)評估而不是數(shù)據(jù)生成。
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圖1:自動定位:使用Harmony中的PhenoLOGIC功能對斑馬魚自動定位。A-5X明場預(yù)掃描。B-PhenoLOGIC經(jīng)過鼠標(biāo)點擊培訓(xùn)區(qū)分魚(綠點)和背景(紅點)C-以PhenoLOGIC為基礎(chǔ)的魚類識別,使用形狀進(jìn)一步優(yōu)化,過濾去除較小的錯誤識別的地區(qū)。
圖2:PreciScan預(yù)掃描定位下一步高倍鏡掃描的區(qū)域
以20x(1.0 NA水浸鏡頭)掃描預(yù)掃描的定位區(qū)域。Z軸共聚焦50層的Z大投影。700張圖像的采集時間<2分鐘。自動檢測和采集意味著無人值守。
表型的自動量化
分析基因表達(dá)模式
圖3:表達(dá)CFP,GFP,YFP和mCherry標(biāo)記蛋白的斑馬魚。樣品由維也納CCRI提供。
自動準(zhǔn)確地確定形態(tài)特征
Harmony? 成像與分析軟件可以輕松檢測熒光強度,形態(tài)和紋理的變化。示例(圖4)顯示單個熒光染料可用于識別不同的身體部分。根據(jù)寬度識別頭部與脊柱。等效橢圓用于描述脊柱的形狀并估計其曲率。尾軸(圖5)以類似的方式,自動檢測尾部曲率。
圖4:單一熒光染料,計算確定斑馬魚頭部/尾部比例
圖5:尾軸的自動檢測。
在3D圖像中,依舊看到細(xì)節(jié)
Harmony軟件提供了3D圖像的可視化樣品的工具, Opera Phenix和Operetta CLS高內(nèi)涵分析系統(tǒng)提供從1.25x到63x的各種放大倍數(shù),63x并配備自動水浸鏡頭,提高靈敏度,減少深層樣本成像中的光學(xué)畸變。
圖6:斑馬魚尾部血管3D重構(gòu)
圖7:表達(dá)GFP和RFP的個體紅細(xì)胞
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- 高內(nèi)涵細(xì)胞成像分析系統(tǒng) 哪家Z好
- 斑馬魚凈水器怎么樣
- 斑馬魚凈水器怎么樣... 斑馬魚凈水器怎么樣 展開
- 【會議預(yù)告】誠邀您參加上海站高內(nèi)涵成像技術(shù)與應(yīng)用研討會
尊敬的老師:
您好!我們誠摯地邀請您參加 5 月 26 日在上海舉辦的高內(nèi)涵成像技術(shù)與應(yīng)用研討會。本次應(yīng)用研討會旨在與科學(xué)家面對面的交流,分享使用高內(nèi)涵成像和分析技術(shù)的經(jīng)驗,期望為相關(guān)研究領(lǐng)域提供有用的信息,拓展思路。
高內(nèi)涵成像分析系統(tǒng)是一種集高分辨率、自動化、智能化、高通量于一體的通用檢測技術(shù)平臺,其為細(xì)胞水平的研究分析提供了高效的解決方案,是創(chuàng)新藥物研究、中藥藥效、腫瘤研究、神經(jīng)生物學(xué)、免疫學(xué)、干細(xì)胞研究等領(lǐng)域的重要研究工具。此次會議我們邀請企業(yè)、科研等專家學(xué)者共聚一堂,帶來 ImageXpress 高內(nèi)涵成像分析系統(tǒng)在各研究領(lǐng)域最 新進(jìn)展和應(yīng)用。
我們期待您的參與,并再次感謝您的關(guān)注和支持!美谷分子儀器(上海)有限公司
時間
2023 年 5 月 26 日
地點:
上海浦東由由喜來登大酒店(上海市浦東新區(qū)浦建路 38 號)
推薦到達(dá)方式:
地鐵 4 號線塘橋站 3 號口右轉(zhuǎn) 20 米
報名方式:
掃一掃二維碼 即可報名參會
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- 體視熒光顯微鏡應(yīng)用于斑馬魚研究
斑馬魚身體延長而略呈紡錘形,頭小而稍尖,吻較短,全身布滿多條深藍(lán)色縱紋似斑馬,與銀白色或金黃色縱紋相間排列紋路比較有條理。在水族箱內(nèi)成群游動時猶如奔馳于非洲草原的斑馬群,故此得斑馬魚之美稱。斑馬魚和人類基因有著87%的高度相似性,作為模式生物的優(yōu)勢很突出,這意味著其實驗結(jié)果大多數(shù)情況下適用于人體,??捎糜谒|(zhì)環(huán)境的監(jiān)測。
近期有位客戶需要一臺體視熒光顯微鏡用于斑馬魚研究,明美銷售經(jīng)理推薦體視熒光顯微鏡MZX81搭配顯微鏡相機MC50-S.
體視熒光顯微鏡MMZX81搭配顯微鏡MC50-S拍攝的斑馬魚
體視熒光顯微鏡MZX81采用優(yōu)異的無限遠(yuǎn)平行光路系統(tǒng),LED熒光雙光路照明設(shè)計,性能優(yōu)越,是應(yīng)用于動物活體成像;果蠅屬的分類、熒光幼蟲及麻醉成蟲的篩選;線蟲有動能個體的鑒定篩選;以及斑馬魚、小鼠和雞胚胎的鑒定及胚胎觀察等研究的理想工具。
如果您對斑馬魚體視熒光顯微鏡感興趣或有疑問,歡迎與我們聯(lián)系,期待與您相約!
來源:http://www.mshot.com.cn/kehuanli/20220929.html,轉(zhuǎn)載請保留出處,謝謝!
- ZT | Micro CT在斑馬魚的應(yīng)用
前言
斑馬魚與哺乳動物基因組和蛋白調(diào)控機制有高度同源性,而且個體小、生殖周期短、繁殖能力強、易于飼養(yǎng)、體外受精、胚胎透明且發(fā)育迅速等諸多方面的優(yōu)點,被廣泛應(yīng)用于藥物篩選、毒性檢測和發(fā)育研究等科學(xué)領(lǐng)域。由于硬骨魚和人類在骨骼發(fā)育過程中的基因、信號通路有高度同源性,而且與其他的動物模型相比,斑馬魚具有個體小適合高通量化學(xué)篩選、身體透明易于觀察骨骼發(fā)育的特定,所以近年來斑馬魚為模型的骨骼研究逐漸成為這一領(lǐng)域的熱點
結(jié)尾:
利用一定造模手段,使得斑馬魚的脊椎骨發(fā)生基因突變。由于外形上是看不出突變的形狀,需Micro CT掃描并重建,通過觀察斑馬魚的脊椎骨突變后的具體形態(tài),來判斷造模是否符合預(yù)期。在研究骨骼形態(tài)的同時,也可以對骨骼的骨密度、肌肉和脂肪的比例進(jìn)行研究。在Micro-CT助力下,以斑馬魚為疾病模型的研究會有越來越多的突破!
- 倒置熒光顯微鏡應(yīng)用于斑馬魚切片觀察
倒置熒光顯微鏡應(yīng)用于斑馬魚切片觀察
斑馬魚的基因與人類基因的相似度達(dá)到87%,而且斑馬魚幼魚通體透明,容易觀察到毒性表型。近期,明美江蘇區(qū)域安裝倒置熒光顯微鏡MF52-N搭配1250萬像素顯微鏡相機MSX2,用于斑馬魚不同層面切片觀察。
倒置熒光顯微鏡MF52-N支持明場、相襯和熒光觀察,從切片中可見,正常對照組織結(jié)構(gòu)規(guī)則,細(xì)胞形態(tài)完整,細(xì)胞質(zhì)均勻,細(xì)胞核呈規(guī)則圓形。
斑馬魚染色切片 72-96hpf
斑馬魚觀察一般包括總體成像和切片觀察,通常需要體視顯微鏡和生物顯微鏡搭配。倒置顯微鏡可以直接觀察培養(yǎng)皿中的斑馬魚,搭配采用五孔物鏡轉(zhuǎn)盤、高分辨率、長工作距離物鏡和高靈敏度相機,能很好地滿足斑馬魚成像的挑戰(zhàn)。
倒置熒光顯微鏡MF52-N采用數(shù)顯LED熒光模塊,可提供簡單易用的熒光激發(fā)和高質(zhì)量相襯、熒光和明場成像。廣泛應(yīng)用于細(xì)胞培養(yǎng)、生物制藥、醫(yī)療檢測等領(lǐng)域。
免責(zé)聲明
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來源:https://www.mshot.com/article/1713.html
- 高內(nèi)涵應(yīng)用案例——線粒體動力學(xué)檢測和表型分析
引言
新陳代謝是生物體內(nèi)進(jìn)行的化學(xué)變化的總稱,是生物最基本的生命活動過程。細(xì)胞從環(huán)境汲取能量、物質(zhì),在內(nèi)部進(jìn)行各種化學(xué)變化,維持自身高度復(fù)雜的有序結(jié)構(gòu),保證生命活動的正常進(jìn)行。作為細(xì)胞的“能量工廠”,線粒體在維持能量穩(wěn)態(tài)方面發(fā)揮重要作用,可以調(diào)控蛋白質(zhì)、脂質(zhì)、溶質(zhì)和代謝物產(chǎn)物的進(jìn)出,并保護(hù)細(xì)胞質(zhì)免受有害線粒體產(chǎn)物的影響。線粒體通過不斷的分裂和融合,維持線粒體形態(tài)、分布和數(shù)量,維持細(xì)胞穩(wěn)態(tài),該過程被稱為線粒體動力學(xué)。線粒體自噬是機體清除細(xì)胞內(nèi)功能異常的線粒體的過程,是線粒體質(zhì)量控制的主要機制。線粒體動力學(xué)的病理改變可導(dǎo)致生物能量功能受損和線粒體介導(dǎo)的細(xì)胞死亡,并與多種病理機制相關(guān),包括缺血性心肌病,糖尿病,肺動脈高壓,帕金森氏病,亨廷頓氏病,骨骼肌萎縮癥、阿爾茨海默病等。
線粒體大小和形狀取決于它們在細(xì)胞內(nèi)的位置以及不同細(xì)胞對能量的需求。當(dāng)線粒體發(fā)生損傷時,它的形態(tài)和完整性會發(fā)生改變,如線粒體的數(shù)量、大小、長度和形狀等。線粒體形態(tài)、結(jié)構(gòu)和功能的檢測對于了解線粒體的穩(wěn)態(tài)以及功能狀態(tài)有重要意義。
高內(nèi)涵成像分析系統(tǒng)非常適合進(jìn)行線粒體表型和結(jié)構(gòu)的研究。共聚焦成像和水鏡可以提高成像質(zhì)量并更好地顯示線粒體結(jié)構(gòu),高內(nèi)涵的圖像分析工具可以幫助科研工作者獲得不同表型的數(shù)字特征,線粒體表型和結(jié)構(gòu)重排的分析模塊可用于線粒體動力學(xué)為基礎(chǔ)的細(xì)胞研究。
結(jié)果展示
使用不同濃度的化合物,包括氯喹(抑 制線粒體循環(huán)),魚藤酮(氧化磷酸化抑 制劑)和纈氨霉素(鉀離子載體)處理 PC12(人神經(jīng)母細(xì)胞瘤細(xì)胞)。將活細(xì)胞用線粒體染料 MitoTracker Orange 和 Hoechst 進(jìn)行染色,利用 ImageXpress Micro Confocal 系統(tǒng)(Molecular Devices)進(jìn)行成像,使用共聚焦模式和 40X 水鏡拍攝活細(xì)胞的圖像,分辨單個線粒體并檢測線粒體形態(tài)變化。使用 MetaXpress 高內(nèi)涵圖像采集和分析軟件中的 Custom Module Editor(自定義模塊編輯器)分析圖像,使用“Granularity”模塊和“Find Fibers”模塊識別圓形顆粒和細(xì)長的線粒體(圖 1)。
圖 1 .線粒體形狀的表型分析。
Molecular Devices 高內(nèi)涵成像分析系統(tǒng)適用于各種細(xì)胞模型中化合物的藥物開發(fā)或毒性評估。不同化合物處理會導(dǎo)致線粒體形態(tài)變化,膜電位的損失、以及細(xì)胞的程序性死亡等。MetaXpress 軟件非常適合進(jìn)行線粒體形態(tài)的測定,可以定義每個對象的數(shù)量、面積、強度、長度和形狀(表1,2)。使用具有共聚焦模式的 40X 水鏡對細(xì)胞進(jìn)行成像,MetaXpress 自定義模塊編輯器分析圖像(圖 2)。這些檢測結(jié)果可以計算劑量反應(yīng)和各種化合物的有效濃度,以及用數(shù)字來表征線粒體結(jié)構(gòu)動力學(xué)(圖 3)。
圖 2 .化合物對線粒體的作用。使用MitoTracker Orange對線粒體進(jìn)行染色( 黃色 ),對照組(A)、纈霉素(B)、魚藤酮(C)。
使用特定濃度的化合物(氯喹,魚藤酮和纈氨霉素)處理 PC12 細(xì)胞,對細(xì)胞進(jìn)行染色和成像。通過圖像分析將線粒體結(jié)構(gòu)確定為“纖維”(頂部)或“顆?!保ㄖ胁浚?,底部為線粒體染色后熒光強度的變化。EC50的值取決于四個濃度依賴性復(fù)本和參數(shù)曲線的擬合(圖 3)。
圖 3 .使用氯喹(綠色),魚藤酮(紅色)和纈氨霉素(藍(lán)色)處理 PC12 細(xì)胞。EC50的值取決于四個濃度依賴性復(fù)本和參數(shù)曲線的擬合。
在分析過程中,我們比較了水鏡和空氣鏡對圖像質(zhì)量和分析的影響。結(jié)果顯示,使用水鏡可以提高圖像質(zhì)量,并且通常會導(dǎo)致 Z' 值增加( 表 3 )。圖 4 顯示了使用自定義模塊編輯對線粒體表型進(jìn)行計數(shù)和分析,以評估線粒體的健康、代謝、循環(huán)、復(fù)合效應(yīng)和疾病狀態(tài)等。并且,自定義模塊編輯可以針對特定的細(xì)胞類型或疾病模型進(jìn)行進(jìn)一步的調(diào)整和修改。
表 1 .用圖 3 所示的曲線定量 EC50。
表 2 .不同的對照和化合物處理方法的比較。上面四列數(shù)據(jù)分別是對照,10 um 的氯喹,300 nm 的魚藤酮,和 10 nm 的纈氨酸霉素。
表 3 .與空氣鏡相比,水鏡可以提高圖像質(zhì)量,獲得更高的Z’值。
圖 4 .自定義模塊編輯器(CME)。
總結(jié)
Molecular Devices 高內(nèi)涵成像分析系統(tǒng)適用于各種細(xì)胞模型中化合物的藥物開發(fā)或毒性評估。使用高內(nèi)涵成像和高級圖像分析的線粒體動力學(xué)分析方法不僅可以量化線粒體的表型變化,而且這種多參數(shù)方法也可用于研究正常和病理結(jié)構(gòu)變化以表征疾病模型或復(fù)合效應(yīng)。
主要特點
獲得高質(zhì)量的圖像,更好地顯示線粒體形狀和結(jié)構(gòu)的變化
以更有效、更精確的方式量化和測量線粒體的表型變化
了解疾病的機制并評估各種細(xì)胞模型中的化合物毒性
參考文獻(xiàn):
[1]. Gottlieb RA, Bernstein D. Mitochondrial remodeling: Rearranging, recycling, and reprogramming. Cell Calcium, 2016, 60(2): 88–101.
[2]. Yoon Y, Krueger EW , Oswald BJ , et al. The Mitochondrial Protein hFis1 Regulates Mitochondrial Fission in Mammalian Cells through an Interaction with the Dynamin-Like Protein DLP1. Molecular & Cellular Biology, 2003, 23(15):5409-5420.
[3]. McLelland GL, Soubannier V, Chen CX, et al. Parkin and PINK1 function in a vesicular trafficking pathway regulating mitochondrial quality control. Embo Journal. 2014, 33(4):282-295.
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[6]. Qi X, Disatnik MH, Shen N, et al. Aberrant mitochondrial fission in neurons induced by protein kinase C{delta} under oxidative stress conditions in vivo. Molecular biology of the cell. 2011, 22(2):256–265.
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[8]. Ong SB, Subrayan S, Lim SY, et al. Inhibiting Mitochondrial Fission Protects the Heart Against Ischemia/Reperfusion Injury. Circulation, 121(18), 2012-2022.
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- 明美顯微鏡相機助力廈門大學(xué)環(huán)境與生物工程斑馬魚觀察
老師此前買過明美體視顯微鏡MZ62,目前通過三目鏡筒連接顯微鏡相機與圖像系統(tǒng),實現(xiàn)對鏡下成像的保存、分析等。老師想重新購買一套數(shù)碼體視顯微鏡,要求達(dá)到發(fā)表論文的水平,主要是用來觀察基因敲除觀察斑馬魚體色,對斑馬魚體色的影響從而推導(dǎo)某個基因突變。
解決方案:
明美工程師通過參加廈門大學(xué)儀器巡展,老師現(xiàn)場看到明美的儀器的體視顯微鏡MZ62和顯微鏡相機MSX1,現(xiàn)場溝通后需求確切,馬上就進(jìn)行樣機SY,效果理想!明美顯微鏡MSX1是1000萬高分辨率顯微相機,內(nèi)置硬件ISP圖像處理芯片,zhuo越的細(xì)節(jié)處理和色彩還原,GX數(shù)據(jù)處理,全分辨下可達(dá)到36fps。
(來源:http://www.mshot.com/kehuanli/20191220.html廣州市明美光電技術(shù)有限公司)
- 明美顯微鏡相機應(yīng)用于斑馬魚觀察
老師此前買過明美體視顯微鏡MZ62,目前通過三目鏡筒連接顯微鏡相機與圖像系統(tǒng),實現(xiàn)對鏡下成像的保存、分析等。老師想重新購買一套數(shù)碼體視顯微鏡,要求達(dá)到發(fā)表論文的水平,主要是用來觀察基因敲除觀察斑馬魚體色,對斑馬魚體色的影響從而推導(dǎo)某個基因突變
解決方案:
明美工程師通過參加廈門大學(xué)儀器巡展,老師現(xiàn)場看到明美的儀器的體視顯微鏡MZ62和顯微鏡相機MSX1,現(xiàn)場溝通后需求確切,馬上就進(jìn)行樣機試用,效果理想!明美顯微鏡MSX1是1000萬高分辨率顯微相機,內(nèi)置硬件ISP圖像處理芯片,細(xì)節(jié)處理和色彩還原,高效數(shù)據(jù)處理,全分辨下可達(dá)到36fps
【本文的標(biāo)題和網(wǎng)址】明美顯微鏡相機應(yīng)用于廈門大學(xué)環(huán)境與生物工程斑馬魚觀察;https://mshot.com/article/754.html
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