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- go小飛454 2018-03-11 00:00:00
- 熒光定量PCR法檢測的是SYBR Green摻入到雙鏈DNA中的量。SYBR Green摻入到雙鏈DNA中后會發(fā)出熒光。但是只要是雙鏈,它都摻。 而探針法是當(dāng)探針結(jié)合到目標(biāo)序列上以后,聚合酶降解探針后,探針上自帶的熒光基團離開淬滅基團,從而發(fā)出熒光。 從兩者的原理上來看,不難判斷,熒光PCR法更加簡單方便,而且成本低。而探針法特異性更強。
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1、為什么實時熒光PCR法要用質(zhì)控
由于在樣本處理、核酸提取、PCR擴增整個過程中存在試劑/設(shè)備不穩(wěn)定、核酸提取效率低、樣本交叉污染等問題,所以需要設(shè)置質(zhì)控體系監(jiān)控核酸提取和PCR擴增全過程。質(zhì)控體系可以降低實驗誤差,保證樣本檢測的準(zhǔn)確性,同時避免檢測過程中的假陰性和假陽性。
2、質(zhì)控體系質(zhì)控品的組成
陽性對照(PC):監(jiān)控系統(tǒng)故障,一般為含目的成分或片段的質(zhì)粒。
陰性對照(NC):監(jiān)控反應(yīng)體系污染情況,一般為不含目的成分或片段的質(zhì)粒。
無模板對照(NTC):監(jiān)控反應(yīng)體系污染情況,一般為去離子水。
內(nèi)標(biāo)(內(nèi)參):校準(zhǔn)生物學(xué)誤差,判斷核酸提取有效性及擴增效率。
重復(fù)實驗:降低其余誤差,一般為2-3次以上。
GB∕T38164-2019 動物源性成分檢測方法質(zhì)控品設(shè)置示例
動物源性檢測操作中對內(nèi)參基因18SrRNA進行檢測的方法可在第二通道中進行設(shè)置。單通道產(chǎn)品則可在B槽中進行,設(shè)置同A槽。
3、質(zhì)控體系設(shè)置要求及過程控制
一般無特殊要求的實驗需要設(shè)置陰陽性對照,如非洲豬瘟病毒檢測(TCVMA 5-2018),食源性致病菌檢測等(SNT1870-2016),要求嚴(yán)格的實驗還需設(shè)置內(nèi)參并進行2-3個平行實驗,如動物源性檢測(GB∕T38164-2019),轉(zhuǎn)基因定量實驗等(GBT19495.5-2018)。
對于涉及人體樣本的臨床診斷而言,除質(zhì)控品設(shè)置外,還需對整個核酸提取和PCR擴增過程進行質(zhì)量控制。如諾如病毒檢測(GB 4789.42-2016),新冠病毒檢測等。
在實際實驗過程中,需綜合考慮實驗環(huán)境、操作流程、實驗成本等實際條件,以便選擇適宜的方法進行質(zhì)量控制。
(1)擴增控制示例(A5-A7)
GB 4789.42-2016 諾如病毒檢驗 擴增控制示例
規(guī)則:YZ指數(shù)<2.00,擴增實驗成立,反之,則反應(yīng)無效。
方法:YZ指數(shù)=A6Ct值-A5Ct值,滿足條件,則使用A1孔Ct值作為結(jié)果;若不滿足,則判斷A7Ct值-A5Ct值,滿足條件后則使用A2孔Ct值作為結(jié)果;若兩個反應(yīng)孔YZ指數(shù)均≥2.00,則反應(yīng)無效。(反應(yīng)結(jié)果為陽性時也可酌情判定為陽性)
(2) 核酸提取過程控制(A8-B4)
GB 4789.42-2016 諾如病毒檢驗 核酸提取過程控制示例
規(guī)則:若核酸提取效率≥1%,則核酸提取有效。若提取效率<1%,則需重新檢測(反應(yīng)結(jié)果為陽性時也可酌情判定為陽性)
方法:通過B1-B4孔建立標(biāo)準(zhǔn)曲線(PC2濃度為1)。核酸提取效率=A8孔Ct值對應(yīng)的濃度×100%。
4、實時熒光PCR法診斷試驗的評價指標(biāo)
(1)真實性評價
①:靈敏度:也稱真陽性率,即實際有病且按該診斷試驗被正確地判為有病的概率。
②:特異性:也稱真陰性率,即實際無病按該診斷試驗被正確地判為無病的概率。
③:假陰性率:也稱真陽性率,即實際有病但根據(jù)該診斷試驗被定為非病者的概率。
④:假陽性率:即實際無病但根據(jù)該診斷試驗被定為有病的概率。
(2)可靠性評價
①:變異系數(shù):當(dāng)做定量試驗時,可用變異系數(shù)來表示可靠性,即所測平均數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)差與測定的均數(shù)之比。
②:符合率:指同一批研究對象兩次診斷結(jié)果均為陽性與均為陰性的人數(shù)之和占所有進行診斷試驗人數(shù)的比率。
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