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用R語言修改一個工具包,做并行計算上的優(yōu)化應該怎么入手

R瓢寄擲杖嗆 2016-11-28 21:28:32 291  瀏覽
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全部評論(1條)

  • unicorn_1 2016-11-29 00:00:00
    分享內存(shared memory),使并行運算時,每個R session可以避免重復讀取。包裹有bigmemory等,這樣不同的R sessions可以共享內存里的數(shù)據。不用再并行運算時,每個R sessions在去讀入一遍。 用MPI,避免mclapply等太高等級的關于平行運算的方程。如果用MPI,你的R sessions只會傳輸你規(guī)定它們可以傳輸?shù)膐bjects。據我所知,mclapply是把所有environment復制到另一個R session里,有一些根本不必要的objects也要被推送,這樣毫無意義。 集成運算,比如Map-Reduce或者Storm,把個體服務器的壓力變?yōu)閷\算過程的壓力,這個坑太大了。。。 分布儲存,比如mongodb,把對內存的壓力變?yōu)閷?shù)據結構的壓力,這個坑也太大了。。。 用C或Fortran寫底層方程,比如loop structure,基本的科學運算(BLAS)等等。 從算法上的根本優(yōu)化。很多時候,程序慢,內存溢出,大多都是程序猿懶,不精益求精。再加上服務器動輒16G內存,把碼農們都寵壞了,好像什么都能往內存里扔,扔完也不打掃屋子。改進算法,盡量在同一時間,只能看見部分數(shù)據的情況下,通過update結果來得到Z后答案。

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