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  *baolai1962 2017-05-20 00:00:00

  基于第二代高通量測序技術(shù)，對(duì)于有參考序列的物種，針對(duì)不同的真菌菌株，可通過全基因組重測序的方法獲得全基因組范圍內(nèi)完整的變異信息，討論群體的遺傳結(jié)構(gòu)、影響群體遺傳平衡的因素以及物種形成的機(jī)制，定位重要性狀位點(diǎn)，為后續(xù)分子育種打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。同時(shí)，通過全基因組大樣本重測序?qū)φ婢匾赀M(jìn)行全基因組的基因型鑒定，并與關(guān)注的表型數(shù)據(jù)進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS），找出與關(guān)注表型相關(guān)的SNP位點(diǎn)，定位性狀相關(guān)基因。隨著測序成本降低和擁有參考基因組序列的物種增多，基因組重測序也成為育種研究中迅速有效的方法之一，在全基因組水平掃描并檢測出與重要性狀相關(guān)的變異位點(diǎn)，具有重大的科研價(jià)值和產(chǎn)業(yè)價(jià)值。 近日，Nature Genetics發(fā)表的一篇文章就充分利用了微生物基因組測序與以全基因組重測序?yàn)榛A(chǔ)的全基因組關(guān)聯(lián)分析結(jié)合的方法，揭示了裂殖酵母遺傳與表型多樣性之間的聯(lián)系。研究者選取裂殖酵母Schizosaccharomyces pombe作為研究對(duì)象，在20個(gè)國家范圍內(nèi)收集了時(shí)間跨度為100年的161個(gè)野生株系的S.Pombe，進(jìn)行了全基因組測序，推測裂殖酵母在公元前340年開始廣泛大量出現(xiàn)，祖先種到達(dá)美洲的時(shí)間為公園1623年。后續(xù)研究者又選取223個(gè)菌種進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析，發(fā)現(xiàn)至少89個(gè)性狀表現(xiàn)出一個(gè)關(guān)聯(lián)。每個(gè)性狀Z顯著的檢測到的變異可以解釋平均22%的表型差異，且indel的影響比SNP更大。

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