文章轉(zhuǎn)自：Edinburgh CRF Genetics Core

數(shù)字PCR（dPCR）是一種終點(diǎn)PCR方法，為核酸的定量和稀有等位基因檢測(cè)提供了一種替代傳統(tǒng)實(shí)時(shí)qPCR的方法。該方法在反應(yīng)成分（引物和標(biāo)記探針檢測(cè)序列特異性靶標(biāo)）和隨后的擴(kuò)增方面與qPCR相似，但在測(cè)量樣本靶點(diǎn)的方式上有所不同。

在dPCR中，核酸樣品混合物被分為許多單獨(dú)的PCR反應(yīng)（液滴或孔，見(jiàn)上圖）。然后進(jìn)行單個(gè)反應(yīng)的擴(kuò)增，每個(gè)孔或微滴對(duì)于目標(biāo)分子將為正（1）或負(fù)（0）。確定陽(yáng)性反應(yīng)與陰性反應(yīng)的數(shù)目，并對(duì)生成樣品中目標(biāo)分子數(shù)目的計(jì)數(shù)。

dPCR是一種特別有用的方法，可用于檢測(cè)癌癥和疾病中的稀有等位基因，準(zhǔn)確檢測(cè)小型CNV以及稀有mRNA和miRNA的基因表達(dá)分析。它也可以用于NGS文庫(kù)定量以及病原體檢測(cè)和微生物組分析。dPCRZ近還被多家公司廣泛用于檢測(cè)COVID-19。艾普拜生物（ApexBio）還開(kāi)發(fā)了一種與Naica?全自動(dòng)微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)兼容的3色熒光通道數(shù)字PCR試劑盒，該試劑盒可檢測(cè)SARS-CoV-2正鏈RNA基因組的兩個(gè)不同區(qū)域，并同時(shí)使用檢測(cè)人類看家基因的內(nèi)部參考來(lái)監(jiān)控PCR的有效性。

在遺傳學(xué)核心中，我們Z近從Stilla Technologies公司獲得了Naica?全自動(dòng)微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)，該系統(tǒng)是一個(gè)高靈敏度的數(shù)字PCR平臺(tái)。

在Naica?全自動(dòng)微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)中，數(shù)字PCR已集成到單個(gè)耗材sapphire芯片中。每個(gè)端口中的樣本（每個(gè)芯片4個(gè)樣本）被劃分為一個(gè)2D陣列。使用Naica Geode通過(guò)限制梯度，可生成出30,000個(gè)大小均一的微滴。我們有2臺(tái)這樣的儀器，因此可以一次運(yùn)行多達(dá)24個(gè)樣品。微滴生成后，立即在芯片上對(duì)每個(gè)微滴進(jìn)行熱循環(huán)。Z后，使用Prism3儀器和Crystal Reader軟件使用三個(gè)不同的熒光通道掃描芯片。這允許對(duì)每個(gè)樣本的三個(gè)不同靶標(biāo)進(jìn)行多路復(fù)用。Z后，Crystal Miner軟件自動(dòng)測(cè)量每個(gè)通道中目標(biāo)核酸的濃度，數(shù)據(jù)完全可視化。