基因測(cè)序哪些文章影響因子比較低

小飛飛120free 2016-07-09 12:54:27 464 瀏覽

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sijie199396 2016-07-10 00:00:00

全基因組測(cè)序項(xiàng)目發(fā)表文章檔次的三個(gè)影響因素隨著高通量測(cè)序技術(shù)的迅速發(fā)展及成本的不斷降低，物種全基因組測(cè)序項(xiàng)目從Z初耗時(shí)10年并花費(fèi)幾十億美元的人類基因組計(jì)劃到現(xiàn)在僅需幾個(gè)月、花費(fèi)幾百萬甚至幾十萬即可完成。因此，物種全基因組測(cè)序項(xiàng)目已成為眾多實(shí)驗(yàn)室或研究者的shou選課題。自2013年3月至今已有三四十個(gè)物種的基因組測(cè)序成果相繼發(fā)表，但文章的檔次良莠不齊，有的項(xiàng)目同時(shí)在Nature雜志上發(fā)表兩篇文章，而有的項(xiàng)目只發(fā)表影響因子為10以內(nèi)的文章。同樣是全基因組測(cè)序項(xiàng)目的研究成果，是什么原因?qū)е氯绱舜蟮牟町惸兀客ㄟ^對(duì)大量物種基因組測(cè)序文章的解析，我們將與大家分享幾點(diǎn)心得。首先，組裝結(jié)果的差異是否直接導(dǎo)致文章發(fā)表檔次的高低？這通常是研究者開展全基因組項(xiàng)目時(shí)比較關(guān)注的因素，然而事實(shí)并非如此。組裝結(jié)果是評(píng)價(jià)一個(gè)物種基因組項(xiàng)目結(jié)果好壞的重要的指標(biāo)，如Scaffold N50的長(zhǎng)度、基因組的覆蓋率等。其中，Scaffold N50是指通過shotgun文庫測(cè)序的數(shù)據(jù)及mate pair文庫的數(shù)據(jù)組裝后得到的所有Scaffold按照長(zhǎng)度從大到小的順序依次累加，待總和為所有Scaffold總長(zhǎng)一半時(shí)遇到的那個(gè)Scaffold長(zhǎng)度。因此，Scaffold N50越長(zhǎng)說明組裝結(jié)果越好。Z理想的組裝結(jié)果是物種有幾條染色體就組裝得到幾個(gè)Scaffold，即每個(gè)Scaffold都是一條染色體。基因組覆蓋率是指組裝得到的序列占物種基因組大小的比例，假如一個(gè)物種的基因組大小是1Gb，組裝得到0.8Gb，則基因組覆蓋率為80%。然而，由于物種基因組中重復(fù)序列的存在及基因組雜合度的影響，大型真核生物的全基因組測(cè)序項(xiàng)目很難達(dá)到的覆蓋率?？v觀全基因組測(cè)序項(xiàng)目發(fā)表的文章，小麥基因組項(xiàng)目連續(xù)發(fā)表3篇Nature文章，而Scaffold N50只有19Kb及60多Kb；發(fā)表在Nature雜志的輪蟲基因組Scaffold N50為僅259Kb。然而，發(fā)表在Nature Communication雜志的雙峰駝基因組Scaffold N50高達(dá)2Mb多；發(fā)表在GB雜志的ZG蓮基因組Scaffold N50達(dá)3.4Mb。從這些案例中不難看出，組裝結(jié)果對(duì)文章檔次的影響并非至關(guān)重要的。當(dāng)文章的其他方面如分析等處于同等水平時(shí)，更好的組裝結(jié)果會(huì)使文章錦上添花，然而反之未必亦然。其次，物種基因組的大小是否直接導(dǎo)致文章發(fā)表檔次的高低？基因組大小為幾Gb的小麥基因組、大麥基因組，甚至十幾Gb的云杉基因組的發(fā)表，可能會(huì)給很多研究者造成一種誤區(qū)，即目前小基因組的文章相對(duì)于大的基因組沒有競(jìng)爭(zhēng)力。然而，事實(shí)也并非如此。好的文章主要取決于選材的好壞及整個(gè)故事的完整性，并非受基因組大小的直接影響。例如，輪蟲基因組只有244Mb，由于研究人員通過全基因組測(cè)序解析了蛭形輪蟲中缺少減數(shù)分裂現(xiàn)象的機(jī)理并為后續(xù)深入研究奠定了基礎(chǔ)，這一研究成果發(fā)表于Nature雜志。桃子基因組為265Mb，基因組測(cè)序成果發(fā)表于Nature Genetics雜志；劍尾魚基因組為669Mb，基因組測(cè)序成果發(fā)表于Nature Genetics雜志；棕櫚基因組為1.8Gb，基因組測(cè)序成果近期同時(shí)發(fā)表兩篇Nature文章。第三，研究的物種與其他研究者相同但進(jìn)度落后，是否無法發(fā)表高水平文章？答案當(dāng)然是否定的。隨著物種測(cè)序項(xiàng)目越來越多，出現(xiàn)這種情況的幾率也越來越大，只要雙方的研究思路不同，能夠挖掘到有意義的分析角度并很好地闡明問題，物種基因組測(cè)序就不再怕重復(fù)。例如，2012年先后發(fā)表于Nature Genetics（2012.08）及Nature（2012.12）的兩篇棉花基因組測(cè)序的文章，今年先后發(fā)表于Nature（2013.04）及Genome Research（2013.07）的兩篇腔棘魚文章，及今年5月分別發(fā)表的挪威云杉和白云杉基因組文章。

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