用于和DNA或RNA結構類似的寡核苷酸合成的自動化儀器，即是DNA合成儀。通常用于固相合成法，每次在長的寡核苷酸鏈上接入一個核苷酸。加入每一個核苷酸均通過相同的化學反應和相應的嘌呤或嘧啶堿基衍生物作用。儀器不同，所用化學反應和操作細節(jié)也會隨之發(fā)生變化。DNA合成的磷酸酰胺法得到了非常廣泛的應用。

結構和性能

1、輔助真空

隔膜形成一個圓頂小空隙為適當運行閥塊的關鍵。每次打開電磁閥時，在隔膜的螺線管一側形成輔助真空，使一圓頂空隙形成在隔膜。

2、合成柱

起始在一次性的柱子中裝有結合在載體（一般為CPG）上的核苷酸，不僅有柱體，而且還有2個固定過濾板和2個接頭，由惰性材料制成所有的部件。

3、流路節(jié)流閥

小量的試劑長期在流路節(jié)流閥中結晶，會阻塞流路。

4、廢液和排氣

廢氣提高排氣管往適當?shù)呐艢庋b置導入，廢液瓶能夠在在低于儀器的附近工作臺上或者合成儀附近的地板上放置。其是一個空立著的10L的聚苯乙烯容器，為大多數(shù)化學試劑輸送的終點站。

5、電導池

一空隙隔開的兩個電極組成了電導流動池，應用一小電壓在空隙之間。其設計是為了對每個DNA合成循環(huán)內釋放的DMT陽離子的總電導進行測定。

6、電池

DNA合成儀通常帶有能夠使用幾年的鋰電池。

7、控制器

軟件、微處理機、顯示屏幕、鍵板及相關的電子部件為控制器的主要部分，其對合成儀的所有活動進行指導和初始化。

8、試劑驅動系統(tǒng)

DNA 合成儀通常采用一定壓力的惰性氣體（氬氣）或氮氣及電磁閥組；來對液體試劑進行驅動，液體試劑也可以使用氦氣來進行驅動。如果slider block滑塊系統(tǒng)及精密蠕動泵為合成儀所采用，那么驅動系統(tǒng)也可以不采用氣體。當采用氣體及電磁閥來對液體試劑進行驅動的時候，首先必須將管路系統(tǒng)電磁閥前段，含試劑瓶組中壓力加到規(guī)定氣壓，電磁閥手動或利用合成管理軟件打開（通常數(shù)ms為打開時間數(shù)），就能夠將液體試劑驅動所需的合成柱中。

9、試劑和堿基瓶組

堿基瓶組及試劑瓶組通常為DNA合成儀所具備。堿基瓶組通常至少為4個標準堿基（A/C/G/T）,同時和多個特殊堿基瓶位搭配，在熒光標記等合成時使用。試劑瓶組通常至少為6個，包含洗脫乙腈（ACN）、氧化劑（OXI）、蓋帽試劑B(capB)、蓋帽試劑A（capA)、活化劑（act）和脫保護劑（Deb）。每種儀器通常均會多設置1-2個試劑瓶位，在合成特殊產物時使用。

10、壓力管路及輸送管路

通常而言，保持內外氣體隔絕是DNA 合成儀的原則，所以不管堿基瓶還是試劑瓶都應當密封以便保持一定的壓力。特氟龍導管，直徑為1/16—1/8吋，是目前為止wei一采用的壓力管路。每個瓶子均從瓶蓋插塞通入一個輸送管道和氬氣壓力管道。1—8號瓶其壓力管道對于亞磷酰胺也作為排氣管。輸送管需要伸到瓶的底部，氬氣管卻要在液面以上。當正確設置打開閥門時，氬氣對儲液瓶上部空間加壓，往輸送管中推進液體，流到其目的地。

11、亞磷酰胺瓶排氣

亞磷酰胺瓶除了加壓外，都是用壓力排氣管排氣的，在儀器中放入亞磷酰胺之前，需要將空氣用氬氣排盡，使其凈化。凈化是氣體通過輸送管輸送，當瓶內進入氣體時，經壓力排氣管排出空氣。廢液瓶的出口必須與大氣相通。需要使排氣管通到通風柜得以確保。如果阻塞排氣管，那么會有反壓產生，會YZ試劑和溶劑的輸送。

12、輸送電磁閥

兩個試劑閥塊(8堿基儀器有3個)及2個或4個柱閥塊包含于試劑輸送系統(tǒng)中。氣體和化學試往柱子及出口流入通過閥塊來進行控制。試劑和溶劑（不包括除亞磷酰胺和四唑）均同時往所有活化柱輸送。當有多個活化柱時，通過對對流速的細微變化，來對每個柱子的輸送次數(shù)自動調節(jié)來補償。在廢液口、DMT收集口，或DNA收集瓶中通過每一個5—端口柱閥塊導入流出物，其也對除去或沖洗柱內和柱閥塊內的試劑的氬氣進行控制。