在上世紀(jì)八十年代誕生第二代多肽合成儀。Advanced ChemTech公司推出的ACT peptide synthesizer Model 90和Protein Technologies公司推出的PS3 Peptide Synthesizer為第二代多肽合成儀當(dāng)中的代表產(chǎn)品。它們通常包括單純氮氣鼓泡和搖動式兩種方法，具有溫和反應(yīng)法合成多肽的特點。

ACT90的設(shè)計原理

反應(yīng)器在直立下圍繞原點作圓周運動或者左右擺動，為ACT90的設(shè)計原理。ACT的多肽合成儀同樣反應(yīng)溫和，轉(zhuǎn)動角度與速度不能夠完全達(dá)到氨基酸耦合的極限，一般會需要更加長的反應(yīng)時間。

PS3 的設(shè)計原理

PS3是采用氮氣鼓泡的反應(yīng)方式來攪拌反應(yīng)物，也就是合成儀上反應(yīng)器是固定的，氮氣從反應(yīng)器的下方通過反應(yīng)器到上部排出。在這一過程中產(chǎn)生的汽泡混合了固相和液相，如此設(shè)計具有價格低廉，結(jié)構(gòu)簡單的優(yōu)點，然而反應(yīng)相對溫和。

PS3 的不足

1.氮氣鼓泡時間過長會揮發(fā)溶液，液面降低之后，在液面上方會粘有一部分多肽-固相載體，反應(yīng)沒有辦法再參加。

2.消耗氮氣的量大，增加了運行的成本。

3.一些時候，在靜電的作用下，多肽-固相載體“抱團”，不能夠充分混合液相，若出現(xiàn)這種情況，則應(yīng)當(dāng)將氮氣的壓力調(diào)高來使靜電的作用消除。當(dāng)消除靜電作用后，應(yīng)當(dāng)立即調(diào)低氮氣的壓力，否則多肽-固相載體會由于較高的壓力被“吹”到反應(yīng)器液面上方。因為多肽-固相載體的粘壁性相當(dāng)高。若被粘到反應(yīng)器液面上方，那么就沒有辦法下來，也就是反應(yīng)沒有辦法參加。diyi代機器之所以造成反應(yīng)“死角”，主要是由于diyi代機器沒有辦法自動調(diào)整氮氣的壓力。