檢測(cè)各種蛋白質(zhì)是蛋白分析儀的主要用途，其對(duì)于很多疾病的ZL起到重要的作用。其不但對(duì)于實(shí)驗(yàn)室免疫檢測(cè)和臨床發(fā)展的需要有所符合，而且對(duì)于流程管理和質(zhì)量系統(tǒng)的優(yōu)化也合適。

氨基酸組成分析

蛋白質(zhì)的肽鏈經(jīng)過(guò)酸、堿或酶處理被拆開(kāi)，就使游離氨基酸被水解成。組成蛋白質(zhì)的20種氨基酸能夠通過(guò)紙層析、薄層層析法等定性鑒定出來(lái)。各種氨基酸的含量能夠通過(guò)離子交換層析法被精確地測(cè)定出來(lái)。目前廣泛應(yīng)用的方法是使用離子交換層析法原理設(shè)計(jì)制造的氨基酸自動(dòng)分析儀，其能夠?qū)⒌鞍踪|(zhì)的氨基酸組成精確、快速定量測(cè)定出來(lái)。

結(jié)構(gòu)分析

雖然如今自動(dòng)化儀器已經(jīng)非常精密了，對(duì)一級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析，依然會(huì)非常耗費(fèi)時(shí)間，有很大的工作量，和非常復(fù)雜的工作流程。這些年以來(lái)被廣泛使用并且大大簡(jiǎn)化序列分析的方法是先對(duì)DNA的序列進(jìn)行測(cè)定再將氨基酸序列推導(dǎo)出來(lái)。

自身特定的氨基酸序列的多肽鏈為各種蛋白質(zhì)所有，為一級(jí)結(jié)構(gòu)，空間結(jié)構(gòu)又由多肽鏈通過(guò)特定的卷曲折疊方式形成，就是二級(jí)、三級(jí)和四級(jí)結(jié)構(gòu)。

鏈的N(-NH2)端通過(guò)試劑異硫氰酸苯酯被逐個(gè)降解成氨基酸的衍生物，肽鏈的氨基酸序列能夠通過(guò)對(duì)每步反應(yīng)的產(chǎn)物的鑒定得出來(lái)。按照這個(gè)原理設(shè)計(jì)的蛋白質(zhì)序列儀，用毫克或微克的樣品一次能夠?qū)?0～50個(gè)序列自動(dòng)測(cè)定。若想要獲得完整的一級(jí)結(jié)構(gòu)，還需要將蛋白質(zhì)裂解成肽的碎片，經(jīng)過(guò)肽的分離純化，肽的序列測(cè)定然后使完整的序列連成。

含量分析

氨基酸為含氮的化合物，通常蛋白質(zhì)會(huì)包括15%的氮，樣品中的蛋白質(zhì)含量能夠使用克氏定氮法計(jì)算出來(lái)。肽鏈的量使用雙縮脲法測(cè)定。在280nm波長(zhǎng)的吸收值使用紫外分光光度計(jì)測(cè)定。簡(jiǎn)單蛋白質(zhì)僅包括氨基酸，測(cè)定非常簡(jiǎn)單。糖、脂質(zhì)、核酸和金屬等化學(xué)物質(zhì)以及輔基均包含在復(fù)合蛋白質(zhì)中，鑒定還需要其他的分析方法。

純度鑒定

蛋白質(zhì)從樣品中純化，聚丙烯酰胺凝膠電泳、電聚焦電泳和末端分析等為其純度鑒定方法。如果一條區(qū)帶或恒定的末端氨基酸在兩種電泳圖譜都呈現(xiàn)，就說(shuō)明已經(jīng)純化了蛋白質(zhì)。

分子量測(cè)定

蛋白質(zhì)的分子量通常大于10000，多肽的分子量通常小于10000。上百萬(wàn)也有可能是分子的量。